離職要求賠款，賠款協(xié)議跟前公司簽署，是否合法？

兩年前跟公司A簽了一份實(shí)習(xí)協(xié)議，里面寫(xiě)著一堆賠款協(xié)議，其中有一條是：轉(zhuǎn)正后一年離職的話，要賠7K，
但是公司A在去年被公司B收購(gòu)，正式勞動(dòng)合同也是B公司的，和B公司簽的勞動(dòng)合同是沒(méi)有這些條款的，想質(zhì)詢一下這份實(shí)習(xí)協(xié)議是否還擁有法律效益？
有人簽了這份協(xié)議，年后走的時(shí)候被要求賠6K，不然不給開(kāi)離職證明。
如果不合法，我該如何保護(hù)自己的合法權(quán)益

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